棉花枯萎病属系统侵染性的维管束病害，至今尚缺乏有效药剂，一旦发生，难于根除。必须采取以种植抗病品种和加强栽培管理为主的综合防治措施。
一、选用抗、耐病品种。
二、轮作倒茬。在重病田采取玉米、小麦、油菜等与棉花轮作3―4年。对减轻病害有明显作用。
三、保护无病区。应严格控制病区棉种向无病区调运。
四、加强栽培管理。连年坚持清除病田的枯枝落叶和病残体，就地烧毁，可减少病源。棉田增施底肥和磷钾肥，适期播种，合理密植，及时定苗，拔除病苗，在棉苗2―3片真叶时喷施1.5%尿素，有利于棉苗生长发育，可提高抗病力。
