水稻以纯有机栽培，一定会发生病虫害，如何有效降低病虫害发生，则有赖精湛的栽培管理技术。水稻最常发生的病虫害有稻纵卷叶虫、二化螟虫、稻热病、胡麻叶枯病、白叶枯病、纹枯病等。苏力菌对二化螟虫未进入叶鞘或茎内之前及对稻纵卷叶虫，具有良好的防治效果，但是如果二化螟虫已进入叶鞘或茎内，则无防治效果，所以应密切注意二化螟虫发生时期，进行连续性防治。稻热病是在水稻肥份吸收过量及土壤中硅(SiO2)含量太低的情况下发生，一般土壤中硅含量，应维持在15毫克/每1000克土以上，因此如果能够控制有机质肥料施用适中及补充土壤中充足的硅含量，可有效预防稻热病。胡麻叶枯病是在稻株缺肥及土壤中硅含量太低的情况下，较容易发生，因此在水稻生长过程中，应避免水稻过度缺肥，土壤中亦应适量补充硅，则可有效预防胡麻叶枯病。白叶枯病常发生大风过后，因水稻叶磨擦造成伤口，病原菌由伤口进入感染所致，土壤中有充足的硅含量及避免施用过量的氮素，均可有效降低白叶枯病的发生，当白叶枯病发生时，切记避免在清晨露水未干前进入稻田中，以减少人为传染病菌。纹枯病是在高温多湿的情况下，较容易发生，纹枯病发生时应避免田间积水，造成纹枯病发生的适宜条件，水稻亦应尽量宽行栽植，加强通风，长期施用有效微生物在土壤中，可以产生拮抗作用，排除土壤中有害菌，亦可有效降低纹枯病的发生。在以上了解利用优良的田间栽培管理技术，仍然可以有效控制病虫害严重发生。
